Моделювання росту мікроорганізмів
Мікроорганізми багато чисельні й різноманітніші чим тваринний світ. З огляду їх великого впливу на життєдіяльність на Землі вивченню мікроорганізмів присвячене величезне число експериментальних і теоретичних досліджень. З’ясований істотний вплив на їхнє розмноження й загибель ряду параметрів стану середовища. Наприклад, найбільш важливими параметрами середовища є: температура, їжа, кислотність середовища, концентрації молекулярного кисню, вологість середовища й ряд інших параметрів. Але ці параметри для різних організмів різні. Наприклад, стосовно концентрації молекулярного кисню в середовищі виділяють:
— облигатні аероби — для здійснення процесів метаболізму потребують молекулярного кисню;
— облигатні анаероби — не використовують молекулярний кисень, більше того, він для них токсичний;
— факультативні анаероби — можуть жити як при наявності, так і у відсутності кисню.
У своїй життєдіяльності мікроорганізми споживають живильні речовини, енергію, перетворюють їх і в результаті виділяють продукти своєї життєдіяльності. Залежно від виду мікроорганізмів змінюється й набір живильних для нього речовин. Виділення одних організмів можуть бути живильними для інших.
На жаль, у теперішній час статистичні дані про вплив різних параметрів середовища на життєдіяльність мікроорганізмів являються розкиданими, важко встановити узагальнені критерії й мало надійних математичних моделей. Хоча, звичайно, ці дослідження присвячені вивченню конкретного виду мікроорганізмів, але не є досить повними, щоб провести ідентифікацію параметрів моделі. Як відзначають [43, 44, 4], принципова трудність полягає ще в тому, що не існує систематичних правил висновку самих рівнянь. Процедури їх складання ґрунтуються на напівемпіричних закономірностях, правдоподібних міркуваннях, аналогіях і мистецтві моделюючого. Технічні труднощі пов’язані з високою розмірністю завдань по моделюванню співтовариств.
Коротко розглянемо стан досліджень мікроорганізмів і їх моделей. Зображення росту популяції (або зміни концентрації біома
си) розглянуто моделлю Друпа [43, 44], рівняння (3.11), тобто при-
dB
ріст популяції в одиницю часу — вважається пропорційним кіль-
dt
кості організмів В у популяції і у теперішній час є загальноприйнятим. В даному випадку величина В вимірює кількість, масу або
• • dB _
концентрацію організмів, — — зміна кількості в одиницю часу. У
dt
цієї моделях уся проблема зводиться до оцінки коефіцієнта пропорційності, який для різних видів організмів визначається експериментально.
Наприклад, у роботах [45] приводяться деякі експериментальні результати і їх аналітична вистава. Коефіцієнт пропорційності росту залежно від температури й значення pH середовища записується у вигляді:
Вшах = Вшах (Т, РН) = Bopt ^ (Т) ‘ Р (РН) (3‘13)
де jLiopt — максимальне значення коефіцієнту цтах, що досягається при
T = ToPt і РН=РН0РІ,
функції т(Т) і р(рН) апроксимується наступними виразами:
/ ч (т-т )-(Т-Т. )2
(т — Т. УГ(т — Т. У(т-т Д-(т — Т )-(т t+T. -2-т)1’
opt mm / |_ opt mm / у opt / opt max / opt mm /J| 14^)
(pH — pHmin) • (pH — PHmax )
(pH — pHmin) • (pH — PHmax ) — (pH — pH opt)
pHmin<pH<pHmax,
де T — температура середовища,
Tmm — значення температури нижче якої росту популяції не відбувається, Тщах — значення температури вище якої росту популяції не відбувається. Так що розвиток популяції розглядається на відрізку Tmin<T<Tmax. Аналогічно величини рН1піп і рНтахвизначаються з умови р • (pH < pHmin) = р • (pH > рНтах) = 0.
Нижче на рис. 3.1 та 3.2 наведені графіки розрахунків по формулах (3.13)-(3.15).
На рисунку 3.3 приводяться точки експериментальних даних з накладеними розрахунковими кривими, отриманими в роботі [46] для бактерій Butyrivibrio fibrisolvens, Brucella melitensis, Listeria monocytogenes, Megasphaera elsdenii, Propionibacterium acnes, Streptococcus bovis, Selenomonas ruminantium.
Традиційний шлях вивчення співтовариств мікроорганізмів полягає в моделюванні безперервних культур. Загальне рівняння, що описує кінетику концентрації кліток у такому процесі, має вигляд
(3.16)
де х — концентрація кліток у культиваторі, ц — функція, що описує розмноження популяції, D — швидкість вимивання.
Швидкість розмноження може залежати від концентрації кліток, концентрації субстрату s, температури, pH середовища й інших факторів [46, 47, 48].
а, б, в, г, д, е, ж, з — для різних видів бактерій, назва яких вказана у верхній частині графіків
Рисунок 3.3 — Швидкості росту бактерій в залежності від кислотності середовища
У мікробіологічних системах, як правило, швидкість росту лімітується концентрацією субстрату, що відбивається залежністю, запропонованою Ж. Моно [49]:
Urn’S
Ks + s ’
де jLim — максимальна швидкість росту організмів за даних умов, Ks — специфічна константа, чисельно рівна концентрації субстрату, при якій швидкість росту культури дорівнює половині максимальної (константа напівна- сичення).
Модель росту мікробних популяцій [50], що описує концентрацію мікробної біомаси (х) і концентрацію субстрату, що лімітує (s) в умовах хемостатного культивування, записується у вигляді
dx _ dxt dxp dt dt dt
ds dt |
де Xp — концентрація мікроорганізмів у приймачі, куди зливається наростаюча бактеріальна суспензія;
Хт — сумарна концентрація мікроорганізмів (хт=х+хр); ц — питома швидкість росту визначається по формулі (6), s — концентрація ресурсу, що лімітує, у середовищі;
Ks — константа напівнасичення при лімітуванні даним субстратом;
So — величина концентрації субстрату, що лімітує, на вході в культиватор;
D — швидкість розведення, рівна відношенню швидкості вступу живильного середовища до обсягу культури;
Y — економічний коефіцієнт (вихід біомаси на одиницю спожитого субстрату).
Принциповою особливістю даної відкритої системи є можливість установлення динамічної рівноваги. В установленому стані ц = D, а Х0 = Y • (s — s0), Х0, s0 — постійні значення, відповідні до стаціонарного стану. На основі модифікації цієї моделі розглядаються різні методи проточного культивування динаміки концентрації біомаси мікроорганізмів. Наприклад, хемостат з поверненням, безперервне культивування без виносу мікробних кліток, періодична культура з підживленням, періодична культура з газовим харчуван
ням, проточний реактор з іммобілізованими клітками. Використання в математичних моделях залежності швидкості росту популяції як функції одного елемента живлення JLl(s) припустиме тільки для
систем з встановленим характером лімітування. Однак, зміна факторів лімітування зустрічається повсюдно й представляє як теоретичний, так і практичний інтерес. Існує кілька різних підходів до теоретичного опису механізму зміни факторів, що лімітують ріст популяції. Найпоширенішими є моделі, у яких передбачається, що в будь-який момент часу ріст контролюється тільки одним елементом живлення. Однією з областей застосування диференціальних рівнянь у моделюванні мікробіологічних співтовариств є аналіз можливих стаціонарних станів змішаної культури. Наприклад, дослідження І. Р. Співака і Дж. С. Рокема [51], у якій вивчалася взаємодія двох видів гетеротрофних бактерій, що конкурують за проміжні позаклітинні метаболіти, виділювані бактеріями — метилотрофами.
Система рівнянь, що описує таке співтовариство, містить у собі вираження для динаміки бактеріальних біомас, концентрації кисню, метанолу, етанолу, ацетату у ферментаційнім рідкім середовищі:
ГГ Y. j
Питома швидкість росту видів задається формулами:
йі = min {pml, pu ■ Sj} ■ (1 — Pmli ■ Px) ■ • (1 — Pm4i • Pj),
fl2 = min {рт2,Рн ‘ si 5P23 ‘ P3 + P24 ‘ P4 } ‘ (i _ Pm2i ‘ Pi ) ‘ (i _ Pm22 ‘ ^2 ) ’
Ш = тІП {Ртз, Pli • Si; Рзз • P3 + Р34 • P4 } • (1 — РтЗІ ‘ P1)‘ {l ~ Pm32 ‘ P2 ) ■
Швидкість споживання субстрату може бути представлена як
_ Pij щ
У|-. .р
j
У вищезазначених рівняннях використані позначення:
X; (і = 1, 2, 3) — бактеріальна біомаса метілотрофа і двох видів гетірот-
рофів;
р, рпі — питома і максимальна питома швидкості росту і-го виду;
D — швидкість вимивання;
s;, Pj (j = 1 …4) — концентрації кисню, ССЬ, метанолу, етанолу і ацетату
в середовищі відповідно (верхній індекс (*) позначає концентрацію речовини в стаціонарному стані);
Кц (і = 1, 2) — коефіцієнт переносу маси для кисню і СО2 відповідно;
Yjj (і = 1, 2, 3; j = 1, 3, 4) — вихід бактерій виду і на j субстрату;
Ру (і = 1, 2, 3; j = 1, 3, 4) — коефіцієнт подоби виду і субстрату);
Рту (і = 1, 2, 3; j = 1, 2, 3, 4) — коефіцієнт чутливості бактерій виду і до метаболіту п;
у — — питома швидкість виділення внеклітинного метаболіту j бактеріями виду і.
У роботі Левича і Рокхема [51, 52] вивчено шість різних способів лімітування: метилотрофні бактерії у всіх випадках лімітуються концентрацією розчиненого кисню, два види гетеротрофів лімітуються або обоє проміжними позаклітинними метаболітами, або обоє максимальною питомою швидкістю росту, або обоє концентрацією розчиненого кисню, або комбінацією двох різні факторів, що лімітують. Серед отриманих результатів необхідно відзначити можливість існування стійкої культури, що полягає із трьох бактеріальних видів, що конкурують за кисень.